O jogador é um ás mercenário cujo codinome é Cipher, contratado pelo país de Ushio para tentar combater a invasão belkaniana. Vários elementos de Ace Combat 4 e 5 estão presentes, como os "pops" e superarmas. Há um sistema de alinhamento dividido em Mercenary (mercenário), Knight (cavaleiro) e Soldier (soldado). Tal classificação é definida pelo comportamento do piloto nas campanhas. A tela pode ser divida ao meio para dois jogadores, porém não existe modo online.

Boa parte da história é contada através de uma série de entrevistas feitas por um jornalista que está pesquisando para escrever um artigo sobre Cipher. Depois de anos de instabilidade política, Belka permite a separação de seus territórios ao Leste, causa esta que enfraqueceu as fronteiras do país e atiçou Osea, um país vizinho, a manipular os governantes e ativistas pró-independência nesses territórios.

Em 1991, um governante nacionalista assumiu o poder em Belka, ao passo que se descobriram recursos naturais numa região fronteiriça, exatamente onde localizam-se os países recém-libertos. Em busca de recursos, Belka os invade, incitando uma coalizão entre Osea e Yuktobania numa contra-ofensiva. Ace Combat Zero é uma boa pedida para os apreciadores da série ou do gênero.